Le Temps faisait récemment le point sur les dix grandes énigmes scientifiques à résoudre au sujet du Covid-19. C’était en avril, autrement dit il y a un siècle. Cinq mois après, qu’a-t-on appris sur ces énigmes fondamentales? Les scientifiques ont continué à assembler les pièces du puzzle et y voient désormais plus clair… bien que l’image finale leur échappe encore.

Lire: Dix énigmes scientifiques à résoudre au sujet du Covid-19

1. On ne sait pas comment a commencé l’épidémie

Ce que nous écrivions en avril: le coronavirus provient sans aucun doute de la chauve-souris, mais il a atteint l’humain en passant par des espèces intermédiaires à déterminer.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: «Il n’y a pas eu d’avancées majeures sur l’origine du SARS-CoV-2», prévient Isabelle Bolon, vétérinaire et coresponsable d’un programme de recherche sur les interactions entre la santé animale et humaine à l’Université de Genève.

La plupart des experts estiment que le virus provient d’une espèce de chauve-souris issue de la province du Yunnan, dans le sud-ouest de la Chine. Plusieurs coronavirus avec des séquences génétiques proches du SARS-CoV-2 ont en effet été découverts chez ces animaux. Mais ces virus ne sont pas suffisamment similaires au nôtre pour être passés directement de la chauve-souris à nous. Il est donc probable que le nouveau coronavirus ait transité chez un troisième être vivant avant d’acquérir la capacité d’infecter l’être humain.

Le pangolin, un animal fréquemment consommé en Chine, a été suspecté, mais il n’y a toujours pas de certitude sur son rôle exact dans la pandémie. Quant à l’hypothèse selon laquelle le virus serait sorti d’un laboratoire spécialisé installé à Wuhan, ville d’où est partie la pandémie, les experts la jugent très peu probable, sans pour autant pouvoir totalement l’exclure.

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2. On ne sait pas comment se transmet le virus

Ce que nous écrivions en avril: le SARS-CoV-2 se transmet principalement par les gouttelettes, mais il est possible qu’il passe également par les aérosols, les parts respectives de ces deux voies étant à pondérer.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: le consensus n’a pas réellement évolué, mais la position de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), oui. Sa dernière synthèse sur le sujet, remontant à début juillet, reconnaît que le coronavirus peut se propager d’une personne à l’autre via les aérosols, ces infimes gouttelettes invisibles en suspension dans l’air. Un pas en avant consenti grâce à la pression de nombreux scientifiques, notamment les 239 experts qui avaient signé une tribune sur le sujet dans le New York Times une semaine plus tôt.

«Les parts respectives des gouttelettes et des aérosols font toujours l’objet de débats», confirme Valéria Cagno, virologue du département de microbiologie et médecine moléculaire de l’Université de Genève. Mais il semble que la transmission aérienne reste modeste: «Les virus se transmettant sans conteste par voie aérienne, tel que celui de la rougeole, sont beaucoup plus contagieux que le SARS-CoV-2».

3. On ne sait pas combien de temps dure l’immunité

Ce que nous écrivions en avril: à l’aube de l’épidémie, la question de l’immunité acquise était totalement insoluble. Les scientifiques ne disposaient que d’éléments provenant de précédentes épidémies (SRAS et MERS) et d’études chez l’animal.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: après huit mois d’épidémie, on y voit plus clair. Les chercheurs disposent notamment d’un grand nombre de personnes guéries qui ont pu effectuer des tests sérologiques examinant la présence de marqueurs immunitaires dans leur sang. «La production d’anticorps et l’activation des lymphocytes T [les cellules responsables de l’immunité] chez les personnes ayant été en contact avec le SARS-CoV-2 suggèrent que ces dernières développent bien une immunité», commente Valéria Cagno.

Mais, ajoute la virologue, «il n’y a pas de consensus sur la durée de celle-ci.» Et c’est là tout l’enjeu de la question. Les premiers cas ne remontent qu’à janvier, soit à peine huit mois: il est encore trop tôt pour s’assurer d’une immunité durable, et il faudra attendre d’éventuelles deuxièmes infections pour en avoir le cœur net. Il se peut que certaines personnes soient immunisées et d’autres pas: les anticorps sont produits en quantités variables selon les individus et la gravité de leur infection. La découverte confirmée cet été d’un patient hongkongais infecté deux fois de manière indépendante va donner du grain à moudre aux scientifiques et aux fabricants de vaccins. Huit mois après le patient zéro, l’immunité demeure la grande inconnue de cette épidémie.

4. On ne connaît pas encore précisément la mortalité

Ce que nous écrivions en avril: l’excès de mortalité, soit le surplus du nombre de morts survenus au premier trimestre 2020, permettra peut-être de jauger la sévérité du bilan du Covid-19.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: les chiffres tombent, et le pic de surmortalité n’est pas arrivé, du moins en Suisse: la mortalité serait même plus basse sur le premier semestre 2020, comparée aux années précédentes. Alors? Il faut se méfier des chiffres. Le Covid-19 a bel et bien fait de nombreuses victimes: «Il y a bien eu une mortalité lors de la première vague: la Suisse a enregistré environ 1700 décès du Covid-19 en 2020», rappelle le directeur de l’Institut de santé globale à l’Université de Genève, Antoine Flahault.

S’il n’y a pas une surmortalité d’au moins 1700 décès dans le pays au premier semestre 2020, c’est que ces décès ont été compensés. Mais comment? Les scientifiques ne le savent pas. Moins d’accidents de la route, en raison du confinement? Non, le compte n’y est pas: «Cela ne représente que 170 décès par an en Suisse», tempère Antoine Flahault. Autre piste: de nombreuses victimes du Covid-19 étaient des personnes à un âge très avancé, qui allaient probablement mourir dans le semestre écoulé. «Nous en saurons plus lorsque nous connaîtrons les causes des décès survenus lors de cette période», conclut Antoine Flahault.

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A noter que dans d’autres pays, la situation diffère. La Suède a ainsi enregistré un nombre record de décès lors du premier semestre, une première depuis la grande famine de 1869.

5. On ne sait pas quel médicament donner

Ce que nous écrivions en avril: en l’absence de traitement spécifique, les médecins se limitent à traiter les symptômes du Covid-19 avec des médicaments existants. Le kaletra, le remdesivir ou encore l’hydroxychloroquine étaient administrés selon les cas dans les hôpitaux suisses.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: fin de partie pour deux des médicaments cités ci-dessus, le kaletra et l’hydroxychloroquine. Le vaste essai clinique Solidarity, mis sur pied par l’OMS afin d’évaluer l’efficacité de ces médicaments dits compassionnels, a abandonné les «bras» testant ces deux molécules, celles-ci étant inefficaces. Elles ne sont plus administrées dans les hôpitaux suisses. Il reste le remdesivir, un antiviral, et la dexaméthasone, un stéroïde anti-inflammatoire, qui sont toujours à l’essai. Le premier réduit la durée d’hospitalisation, quoique modestement. Le second réduit la mortalité, du moins chez les patients les plus gravement atteints. Du côté des antibiotiques, l’azithromycine fait également l’objet d’essais dans le cadre de Solidarity.

6. On ne sait pas pourquoi certains cas sont si graves quand d’autres sont anodins

Ce que nous écrivions en avril: un «orage de cytokines», sorte de surréaction du système immunitaire, pourrait expliquer certains cas plus graves.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: cela reste aujourd’hui un mystère. C’est un des aspects les plus déstabilisants du nouveau coronavirus: les symptômes qu’il occasionne sont très variables. Certaines personnes infectées ne ressentent aucun désagrément, d’autres souffrent d’un refroidissement, d’autres encore se retrouvent aux soins intensifs, voire décèdent. «Dès le début de la pandémie, les études épidémiologiques en provenance de Chine nous ont montré que des facteurs tels que l’âge avancé et le surpoids augmentaient le risque de développer une forme sévère de la maladie. Mais ces critères n’expliquent pas tout, car les personnes concernées ne souffrent pas systématiquement de covid sévère», explique Pierre-Yves Bochud, du service des maladies infectieuses du Centre hospitalier universitaire vaudois.

Ce médecin tente, comme d’autres, de comprendre si des variations génétiques peuvent expliquer la susceptibilité de certaines personnes au nouveau coronavirus. «Pour l’heure, les études n’ont pas permis de trouver un gène particulier qui détermine la réponse individuelle face aux SARS-CoV-2. Le plus probable est que cette réponse soit modulée par de nombreux variants génétiques rares, ce qui les rend difficiles à identifier», poursuit l’expert. D’autres caractéristiques, non liées au génome, pourraient aussi entrer en ligne de compte. Une des hypothèses est que les personnes ayant été exposées à d’autres coronavirus bénins avant leur infection par le Sars-CoV-2 seraient mieux à même de se défendre contre ce nouveau pathogène.

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7. Le SARS-CoV-2 mute, mais cela semble sans conséquence

Ce que nous écrivions en avril: les mutations, processus naturels, ne nous apprennent pas grand-chose du virus.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: il est parfaitement normal que le nouveau coronavirus ait muté depuis son émergence à la fin de 2019 en Chine. A chaque fois qu’il se réplique, son génome se transforme légèrement, de même que de petites erreurs surviennent lorsqu’on recopie un long texte. Ce processus se produit chez tous les êtres vivants.

Certaines mutations sont devenues particulièrement fréquentes dans la population, comme on peut le voir sur la plateforme Nextstrain, qui présente «l’arbre généalogique» du SARS-CoV-2. L’une d’entre elles, nommée D614G, a particulièrement fait parler d’elle. Elle concerne une seule lettre du génome du virus, à un endroit du code contrôlant la pointe avec laquelle il pénètre les cellules humaines. Mais il semblerait que cette petite transformation n’affecte ni la virulence du virus, ni sa capacité à infecter l’être humain.

«Le virus qui circule aujourd’hui n’est ni plus ni moins agressif qu’au début de la pandémie», insiste François Balloux, généticien à l’University College de Londres. Autre bonne nouvelle, les études confirment que le SARS-CoV-2 mute lentement, comme la plupart des autres coronavirus. Cela devrait simplifier la mise au point du très attendu vaccin contre cette maladie.

Lire finalement: Le Sars-CoV-2 mute, et alors?

8. On ne sait pas le rôle joué par les enfants

Ce que nous écrivions en avril: les enfants sont moins touchés que les adultes, mais leur rôle dans l’épidémie est inconnu.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: «L’étude des chaînes de transmission nous montre que les enfants sont majoritairement infectés par les adultes», souligne Alessandro Diana, expert à Infovac et enseignant à l’Université de Genève. Ils ont été un temps suspectés d’être des super-propagateurs du virus. Les jeunes malades développent plus rarement des formes graves, notamment lorsque touchés par une forme spécifique du Covid-19 provoquant un syndrome inflammatoire. Ils présenteraient également plus souvent des formes asymptomatiques du Covid-19. Une étude du 30 juillet dernier a rouvert la question de la propagation en mesurant dans le nez d’enfants de moins de 5 ans une charge virale 10 à 100 fois plus élevée que chez les autres personnes. Pour autant, elle ne permet pas de déterminer si ces enfants sont plus contagieux. En bref, les enfants demeurent une énigme dans le cadre du Covid-19.

9. On ne sait pas si les animaux domestiques sont contagieux

Ce que nous écrivions en avril: quelques rares cas d’animaux infectés étaient rapportés dans la littérature.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: avec un peu plus de recul, il semble acquis que chez les animaux de compagnie, la propagation du virus est modérée. Une étude en pré-publication indique que dans le nord de l’Italie 3,4% des chiens et 3,9% des chats présentent des anticorps contre la maladie. Ces éléments plaident donc toujours pour l’absence d’une transmission de l’animal vers l’homme.

Mais la question est toujours en suspens, en particulier chez les visons, parmi lesquels un million d’animaux ont été touchés et certains abattus par mesure de précaution. En Europe et aux Etats-Unis plusieurs dizaines d’élevages ont été concernés. Le personnel de ces fermes a également été contaminé par la maladie. Au point que les scientifiques se demandent désormais s’il n’y a pas eu des cas de transmission des visons vers l’humain, notamment aux Pays-Bas, le pays le plus touché par ces cas.

En attendant ces réponses, les consignes des gouvernements restent de limiter les contacts avec les animaux, surtout en cas d’infection déclarée du propriétaire, et d’appliquer les mesures de protection sanitaire.

10. On ne sait pas comment l’épidémie va se finir

Ce que nous écrivions en avril: dans l’attente d’un vaccin ou d’un traitement efficace, le virus pourrait disparaître faute d’humains à infecter… non sans avoir fait de nombreuses victimes.

Ce que les scientifiques en disent aujourd’hui: cinq projets sont actuellement dans la dernière phase (III) de développement qui consiste à tester leur efficacité à grande échelle. Le gouvernement russe a récemment annoncé avoir mis au point son propre vaccin, qui serait accessible à la population russe début janvier 2021. Mais l’absence de données scientifiques publiques pose question. «A priori ce vaccin vient seulement d’entrer dans sa phase III, il n’est pas plus avancé que les autres projets», estime Alessandro Diana.

Ces autres projets visent aussi une mise sur le marché en début d’année prochaine. «Nous sommes de plus en plus nombreux à penser que l’on pourrait avoir un vaccin efficace entre mai et juillet 2021, mais pas pour cet automne», avertit Alessandro Diana. Et malgré l’accélération inédite de ce processus de développement, la durée de l’immunité induite par ces vaccins n’est toujours pas connue.

De son côté, Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur de l’OMS, sans être pessimiste, a souligné qu’un tel traitement pourrait aussi bien ne jamais émerger. «Le meilleur «vaccin» pour le moment, qui a fait ses preuves pour garder la pression sur le virus, ce sont les gestes barrières», rappelle Alessandro Diana.

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